Nuo 2001  m. rugsėjo 1 d. įvesta gynybinio – pilietinio ugdymo pakraipa, pradėtas dėstyti pradinis karinis parengimas IX–XII klasėse

Gynybinį – pilietinį ugdymą rinkosi ne tik Alsėdžių seniūnijos moksleiviai. Į mokyklą atvyko virš 170 naujų mokinių iš Telšių, Plungės, Mažeikių, Salantų, Klaipėdos, Palangos miestų. Bendras mokinių skaičius pasiekė 477.

2001 metų spalio 29 dieną, iškilmingo susitikimo metu tarp Alsėdžių vidurinės mokyklos ir Generolo Jono Žemaičio Lietuvos Karo akademijos buvo pasirašyta bendradarbiavimo sutartis.

Nuo 2001 metų  iki šiol Alsėdžių mokiniai nuolat dalyvauja  konkurse „Ką žinai apie Lietuvos kariuomenę“

2004 metais jaunoji šaulė Donata Šarkauskaitė buvo pripažinta geriausia jaunąja šaule Lietuvoje ir pakviesta į stovyklą Anglijoje.